В 1976–1977 годах проходил действительную военную службу в г. Уссурийске Приморского края. По окончании службы в ноябре 1977 года вернулся в Южно-Сахалинск и с января 1978 года продолжил работу в музее: сначала – в должности младшего, затем – старшего научного сотрудника отдела истории дореволюционного прошлого. В 1997 году, с открытием при музее Института наследия Бронислава Пилсудского, стал старшим научным сотрудником (на правах учёного секретаря). В 2002 году назначен исполняющим обязанности, затем – заведующим редакционно-издательским отделом музея. В 2000-х годах в связи с реорганизацией отделов был переведён на должность старшего научного сотрудника отдела истории. Весьма плодотворно занимался научной работой. Область его интересов обширна: история музейного дела на Сахалине, природа, археология и этнография коренных народов Севера Сахалинской области, краеведение области в целом. Его особенно интересовали концептуальные вопросы исторического развития древних социумов в островном Сахалино-Хоккайдско-Курильском архипелаге от эпохи палеолита до Средневековья. Как географа и биолога по основному образованию, его интересовали проблемы палеоэкологии и палеоэкономики, истории древних ландшафтов и т. д. Он неоднократно выезжал в служебные командировки на Хоккайдо (Япония), где знакомился с состоянием музейного дела и памятниками археологии. М. М. Прокофьев участвовал во многих научных экспедициях, организованных музеем: в комплексной историко-археолого-этнографической экспедиции на Северный Сахалин (1978), в экспедиции Ленинградской части Института этнографии АН СССР на о. Итуруп (1979), двух международных советско-японских археологических экспедициях на Южном Сахалине (1990–1991). В 1983 году вёл самостоятельные археологические исследования на о. Итуруп, а в 1985–1990 годах – в составе Северной (позднее Курильской) экспедиции Ленинградской части Института этнографии АН СССР под руководством лауреата Государственной премии СССР, доктора исторических наук Ю. Кнорозова.

М. М. Прокофьев внёс большой вклад в развитие музейного дела и сохранение культурного наследия Сахалинской области. Им открыто более 30 новых археологических памятников. За время работы в музее и Институте наследия Бронислава Пилсудского, являясь ответственным секретарём редколлегии ежегодника «Вестник Сахалинского музея» (с 1995 года), членом редколлегии «Известий Института наследия Бронислава Пилсудского» (с 1998 года), «Этнографических записок Сахалинского областного краеведческого музея», вёл большую редакционную работу, состоял членом редколлегии «Краеведческого бюллетеня» (1990–2005). Был действительным членом Сахалинского отдела Географического общества СССР (1985–1990) и Общества изучения Сахалина и Курильских островов (1990–2005), членом Русского географического общества. В музее М. М. Прокофьев подготовил и опубликовал 11 книг и брошюр, девять научных каталогов этнографических и археологических коллекций музея, ввёл в научный оборот мало известные ранее этнографические материалы Б. О. Пилсудского, Б. А. Жеребцова и других учёных. Прокофьевым написано более 200 научных и научно-популярных статей, опубликованных в таких журналах и альманахах, как «Вестник Сахалинского музея», «Краеведческий бюллетень», «Россия и островной мир Тихого океана», «Рубеж», и в газетах «Советский Сахалин», «Молодая гвардия», «Сахалинская жизнь». Часть статей переведена и издана за рубежом (в Польше, Японии). В 2006–2011 годах он подготовил и выпустил восемь наборов цветных открыток, посвящённых природе острова Сахалин. Трижды становился лауреатом премии губернатора Сахалинской области (2001, 2005, 2007), награждался почётными грамотами музея и областного управления культуры, министерства культуры Сахалинской области и администрации Сахалинской области. Лауреат премии Фонда культуры Сахалинской области (2009). В 2016 году ему присвоено почётное звание «Заслуженный работник культуры Сахалинской области». Скончался М. М. Прокофьев 1 сентября 2019 года.
(Биография М.М. Прокофьева подготовлена СахОУНБ)